A nivel Internacional
La Obra está organizada y coordinada desde un Secretariado General, con Sede en Roma. Preside este organismo un Secretario General, nombrado por la Congregación para la Evangelización de los Pueblos.
Secretario General: Padre Mgr Jan Dumon
A nivel Nacional
El responsable de la Obra es el Director Nacional de las Obras Misionales Pontificias. Este es nombrado por la Congregación para la Evangelización de los Pueblos, a propuesta de la Conferencia Episcopal de cada país.
El Director Nacional nombra un Secretario Nacional para la Obra Pontificia San Pedro Apóstol, que asume el acompañamiento cotidiano de ella.
A nivel diocesano el responsable es el Director Diocesano de Misiones o el asesor nombrado por el obispo de cada diócesis.
Secretario Nacional:
Actualmente Sin Nombramiento
